>> создал очень много карт (различных), отчего теперь у меня контуры с разных карт пересекаются.
То есть были созданы графические файлы. В этом случае их нужно удалить, например в проводнике, а ссылки на них в модели должны исчезнуть после перезагрузки Blender.
>> В частности, этот колодец пополам разделить.
... в режиме редактирования раздели колодец по полам и удали одну из частей, сделай для неё UV карту и текстурную карту ...
... потом добавить модификатор Mirror, при этом Pivot Center должен быть на мнимой центральной оси колодца ...