Всё-таки "Отделение по несвязанным частям" (P -> by loose parts) - довольно-таки тяжелая функция для Блендера. Ради эксперимента слепил массив подразделённых кубиков, применил его, и попытался выполнить эту команду.
Когда массив был 25x25 шт. (950000 вершин), то команда подвесила Блендер, он потормозил минуты полторы, но потом честно разделил кубики.
А когда я попробовал с массивом 50x50 (380000 вершин), то дождаться выполнения команды так и не смог (через 10 мин надоело).
В качестве вывода из этого эксперимента можно сформулировать такую рекомендацию:
Если отделение по несвязанным частям слишком тормозит и дождаться его не получается, то можно вручную разделить большую кучу подобъектов на несколько кучек меньшего размера (хотя-бы по 100-200 шт.), а уже потом применять эту команду к этим кучкам по очереди.