Трансформация куб-сфера проста, т.к. можно обернуть шарик кубиком и применить модификатор "Обтягивание" (Shrinkwrap). Далее в этом модификаторе можно нажать кнопку "В ключ формы", и нужный ключ будет создан.
В моём примере двигай выделенный ползунок.
С более сложными объектами придётся вручную приводить форму одного объекта к форме другого.