... из твоего пояснения не совсем понятна структура циклов, но возможно проблема в неверном выборе объекта для поворота ...
... в начале кода ...
co_obj = bpy.context.object
... по ходу поворота ...
scene.objects.active = da_obj[model_name]
co_obj.rotation_euler[2] += model_rotation_angle
... может быть следует делать так? ...
co_obj = da_obj[model_name]
co_obj.rotation_euler[2] += model_rotation_angle
... и ещё практичнее форматировать название файлов по маске ...
output_file_name = '%4d' % counter