Спасибо за ответ!
Вопрос в следующем: если объект в сцене связанный,
мы не можем редактировать сам объект, а также присвоенные ему материалы.
А значит, не можем делать и запекание.
Получается, что запекание нужно делать в исходном файле,
а связанный объект должен быть вставлен в сцену уже с запеченными материалами?