... в целом такая проблема есть и решения будут зависеть от наличия ограничений на полисетку ...
... если количество полигонов неважно, то можно использовать модификаттор boolean, вычитая дырку из цилиндра ...
... если требуется минимальное количество полигонов, но не для экспорта, то можно просто сделать квадрат и соединить его с цилиндром, при этом для придания ребрам жесткости при сглаживании использовать Auto Smooth (как на примере во вложении) ...