>> мне нужно сделать кость root и в нее засунуть весь скелет, не пойму как это сделать
... в режиме редактирования выдели кость, перейди в редактор свойств активного объекта и на вкладке Bone найди секцию Relations там будет свойство Parent - можешь назначить или удалить родителя у кости, таким образовм перестроить подчинение ...