К сожалению, линукс владеет версией питона 27, а в архивах прежних версий на blender.org лежит 249 для питона-26. Ещё хуже факт, что, если вы соберёте и установите в систему питон 26, то вы можете вывести из строя свою систему. Поэтому, ./configure --enable-shared, make, но не устанавливаем (make install не командуем).
Под рутом с правами суперюзера (su -) открываем Konqueror, создаём в папке /usr/lib (а, если 64-битная система, то в папке /usr/lib64) папку python2.6 и копируем в неё из папки сборки python-2.6.9/Lib всё. А в папку /usr/lib (а, если 64-битная система, то в папку /usr/lib64) копируем файл python-2.6.9/libpython2.6.so.1.0
Двойной клик по файлу blender из распакованного архива blender-2.49b с офсайта блендера должен вам запустить в окне вот это: