Но самом деле вопрос только кажется просто решаемым с помощью стандартных инструментов... Поворот треугольной грани непредсказуем, её отрисовка может начинаться с одной из трёх сторон, четырёхугольной грани, соответственно с одной из четырёх сторон... Отрисовка идёт вразнобой после применения модификаторов...
Попробуй сам DupliFaces, поймёшь тогда лучше проблему. На второй картинке явно видно, что четырёхугольники разрезаны одинаково, по поворот дубликатов иной:
Сравни левый нижний вариант с правым верхним, и левый верхний вариант с правым нижним у красной Сюзанны...
Извини, что захламил эту твою тему левой инфой, но я просил ответить тебя в той теме...
http://blender-3d.ru/forum/index.php/topic,1963.0.html