Так. Ну вроде как победил. Подбросил конфиг-файл из установленного на GUI Ubuntu в созданную папку .config/blender/2.79
Теперь всё подхватывается, и делается как надо.
На самом деле, думаю это можно было и не делать.
По сути 2 задачи, которые я пытался выполнить (В GUI) это
1. Указание пути к скриптам
под конец понял, что это делается так
import bpy
from bpy import context
path = "/somepath"
context.user_preferences.filepaths.script_directory=path
print(context.user_preferences.filepaths.script_directory)
2. Подключение плагина
код не помню, но при включении галочки этого плагина - всплывает питоновская подсказка с командой его подключения.
т.е. GUI-шный вариант (через файл файл в .config userprefs.blend) для настройки вроде как не нужен. В консоли запускается нулячий Blender с заданнной коммандной строкой, которая и формирует требуемую конфигурацию.
Единственный момент, который мне непонятен это:
На сервер я установил Blender из репозитория (который разбросался по нескольким папкам в системе).
На офсайте я могу скачать tar-архив и распаковав его запустить Blender без всяких репозиториев (что я и сделал на GUI-Ubuntu).
На серверном Ubuntu я не пробовал запускать "распакованный".
Вопрос в том, "зачем парится со скачивания с репозитория, если можно просто скопировать с офсайта?".
Типа если у меня голый Линух - то репозиторная версия точно проинсталит нужные библиотеки, а офсайтная подразумевает что у меня все нужные либы есть по умолчанию?