... нужно провести несколько экспериментов, примешь участие? ...
... во вложении файл, замени им тот который находится в папке 2.79/scripts/addons/io_scene_fbx (только сохрани куда-нибудь скрипт из комплекта) ...... после этого попробуй выполнить экспорт fbx ...
... внес указанные исправления (файл во вложении), но эффекта пока не вижу (хотя ue4 выругался но сделал bone как root без armature) ...... попробуй в "не blender" посмотреть ...
... и еще раз опиши чем тебе мешает арматура-пустышка ...