ConkerUral, если есть возможность покажи решение, может кому интересно будет.
Саму задачу можно разбить на две - конвертация (убрать хромокей) и пакетная обработка файлов (обработать кучу файлов).
По второй задаче выбор решения может зависеть от используемых инструментов, например python, bash или командная строка windows.
По первой части можно рассмотреть вот такую последовательность (но зависит от требуемого результата)
Для тестового файла с "1C7A4D0_c.bmp", с "красным фоном-хромакеем" ...
convert 1C7A4D0_c.bmp -colorspace RGB -channel GB -separate tmp.bmp
convert tmp-0.bmp tmp-1.bmp -channel Alpha -combine mask.bmp
convert 1C7A4D0_c.bmp mask.bmp -alpha on -compose CopyOpacity -composite out.bmp
... этот код можно оформить в bash файл, передавать имя обрабатываемого файла в качестве параметра ...