... если это части меша одного объекта, то можно предварительно разделить меш на два объекта и выполнить операцию boolean для двух объектов ...
Либо в случае с Блендрером 2.72 можно выделить то, что вырезаем и в меню Faces (Ctrl+F) выбрать инструмент Intersect