... если эти вершины не привязаны ни к чему (свободные), то нужно нажать L на основной части, чтобы выделить все нужные вершины, инвертировать выделение I и удалить ненужные вершины ...
... если эти вершины связаны с ребрами и их удаление приводит к удалению ребер, то можно попробовать почистить меш через меню Mesh->Clean up->Limited Dissolve ...