>> Почему-то после экструдирования выбираешь некоторые вершины, смещаешь их, а под ними еще одна вершина находится
... это ошибки моделирования и некоторой невнимательности при выполнении операций, в результате которых и происходит появление дублирующих вершин, наличие которых приводит к проблемам текстурирования, визуализации, экспорта и т.д. ...
... для удаления дублирующих вершин необходимо выполнить Remove Doubles в левой панели инструментов окна 3dview или Ctrl+V D (Remove Doubles) ...