Поясню про boolean - суть в том, что очевидно требуется неразрывная полисетка без перехлестов. Если сделать из соединяемых фрагментов условные 3d куски, то boolean постарается сделать как раз единую полисетку ...
Короче и как у нас принято, тоже предлагаю выложить проблемную модель, чтобы дать рабочее решение, иначе рождественское гадание получается ...