>> визуально проверь как выглядит и после запекай... очевидно это не проблема запекания, это проблема текстурирования - то есть именно так в твой модели наложены текстуры ...... насколько понял, слой "карты" ложиться нормально, а вот слой "раскраски" нужно масштабировать ...... можно попробовать добавить в узловом редакторе mapping для слоев "раскраски" ...... кстати, какое разрешение предполагается у текстурного файла? ...
сколько плиток заливки должно быть уложено по осям? ...