Почему нужен 2.49? Да потому что он гораздо меньше (10 -15 мегабайт, против 100 нынешнего...
... попробуй сохранять выделение полигонов как выделение вершин, то есть через группы вершин Vertex Group ...https://docs.blender.org/manual/ru/dev/modeling/meshes/properties/vertex_groups/assigning_vertex_group.html
Эта разница в основном за счёт вложенного внутрь современных версий полновесного (не обрезанного, как в 2.4) Питона. Так что менять шило на мыло имеет смысл, только если не будешь отдельно Питон доустанавливать.
... выделяешь метаболы и Alt+C M ...